Fonte principale sulla vita e la figura del Battista sono i Vangeli. Essi affermano che era figlio di Zaccaria e di Elisabetta, cugina di Maria, e fu generato quando i genitori erano in tarda età. La notizia è interpretabile come a sottolineare l’eccezionalità del personaggio (figli di genitori anziani furono anche Isacco, figlio di Abramo, e, secondo tradizioni tarde, Maria). La sua nascita fu annunciata dallo stesso arcangelo Gabriele che diede l’annuncio a Maria; Giovanni andò a vivere nel deserto, conducendo vita di penitenza e di preghiera, secondo la tradizione ebraica del voto di nazireato: “Giovanni portava un vestito di peli di cammello e una cintura di pelle attorno ai fianchi; il suo cibo erano locuste e miele selvatico” (Vangelo secondo Marco 1, 6). Nei Vangeli è definito “voce di uno che grida nel deserto” (in latino: vox clamantis in deserto). Si discute tuttora sui possibili rapporti fra il Battista e la comunità giudaica degli Esseni, che vivevano in comunità monastiche nel deserto, aspettavano l’avvento del Messia e praticavano il battesimo come rito di purificazione.

Giovanni dichiarò più volte di riconoscere Gesù come il Messia annunciato dai profeti, ma il momento culminante fu quello in cui Gesù stesso volle essere battezzato da lui nelle acque del Giordano; in tale occasione Giovanni additò Gesù ai suoi seguaci come “l’agnello di Dio che toglie i peccati del mondo” (Vangelo secondo Giovanni 1, 29). E sottolineò il proprio rapporto di dipendenza affermando: “Egli deve crescere e io invece diminuire”

La polemica fra discepoli del Battista e di Gesù (Marco 2, 18) sembra trasparire dai Vangeli nel passaggio in cui lo stesso Battista, pur convinto del carisma profetico di Gesù, non rimase altrettanto convinto della sua messianicità definitiva, tanto che, mentre era recluso nel carcere di Macheronte,[8] inviò alcuni dei suoi più fidati discepoli a domandargli per suo conto se fosse Lui quello che doveva venire “o se si dovesse aspettare che venisse un altro Messia ancora” (Vangelo secondo Matteo, 11, 2-3).

Gesù rispose: “Andate e riferite a Giovanni ciò che voi udite e vedete: I ciechi ricuperano la vista, gli storpi camminano, i lebbrosi sono guariti, i sordi riacquistano l’udito, i morti risuscitano, ai poveri è predicata la buona novella

Rispetto però alla profezia dell’Antico Testamento, Egli aggiunge la guarigione dei lebbrosi e, soprattutto,rimpiazza “la libertà degli schiavi e la liberazione dei prigionieri” con la risurrezione dei morti, avvisaglia d’una salvezza procrastinata post mortem, escatologicamente. Tant’è che, infatti, il Battista muore prigioniero in carcere.

Sta di fatto che Giovanni, dopo aver visto la manifestazione dello Spirito su Gesù (Matteo 3, 16) e avere udito la Voce del Padre che parlava di Gesù come dell’eletto (Matteo 3, 17), decise di non sciogliere la sua scuola e di non seguire Gesù come uno dei suoi discepoli. Continuò invece la sua missione e si spinse a condannare il matrimonio tra Erode ed Erodiade, vedova di Filippo (Marco 6, 18), i quali lo fecero incarcerare e decapitare.

Il Battista morì a causa della sua predicazione. Egli condannò pubblicamente la condotta di Erode Antipa, che conviveva con la cognata Erodiade; il re lo fece prima imprigionare, poi, per compiacere la bella figlia di Erodiade, Salomè, che aveva ballato ad un banchetto, lo fece decapitare.

La morte per decapitazione ha fatto sì che Giovanni Battista sia divenuto famoso anche come san Giovanni decollato. La celebrazione del martirio di Giovanni Battista o celebrazione di San Giovanni Decollato è fissata al 29 agosto (probabile data del ritrovamento della reliquia della testa del Battista). Molte chiese, luoghi di culto e città sono dedicate a questo santo.

Alcuni antichi salmi sostennero l’idea che Giovanni Battista fosse stato assunto in Cielo al tempo della Risurrezione di Cristo. A tal proposito, papa Giovanni XXIII, nel maggio del 1960, in occasione dell’omelia per la canonizzazione di Gregorio Barbarigo, ha mostrato la sua prudente adesione a questa “pia credenza” secondo la quale il Battista, come anche san Giuseppe, sarebbe risorto in corpo ed anima e salito con Gesù in Cielo all’Ascensione. Il riferimento biblico sarebbe in Matteo 27, 52-53  … i sepolcri si aprirono e molti corpi di santi morti risuscitarono. E, uscendo dai sepolcri, dopo la sua risurrezione, entrarono nella Città santa e apparvero a molti.